哈爾濱海關為海關總署垂直管理的正廳級直屬海關，負責黑龍江省范圍內海關工作運行管理、監督監控。主要職責是：負責本關區貫徹落實黨中央、國務院關于海關工作的方針政策和決策部署，執行與海關管理相關的法律、法規、規章、規范性文件和相關技術規范，負責本關區征稅、監管、緝私、統計、出入境檢驗檢疫等工作；監控研判本關區各類執法風險、管理風險和廉政風險并組織防范和化解，負責本關區基層黨組織建設、隊伍建設和日常管理工作；完成海關總署交辦的其他工作。

       哈爾濱海關機關內設處級機構18個，下設副廳級緝私局和隸屬海關單位1個，正處級隸屬海關單位20個，設有10個黨委派駐紀檢組。

       哈爾濱海關轄區幅員遼闊，與俄羅斯聯邦邊境線長2981公里，口岸分布點多線長面廣，“水、路、空、鐵、管、網、郵、索”監管門類眾多，特色鮮明。近年來，哈爾濱海關以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，堅決貫徹海關總署黨委和黑龍江省委、省政府各項決策部署，積極鍛造“政治堅定、業務精通、令行禁止、擔當奉獻”的準軍事化紀律部隊，高效統籌疫情防控和促外貿保穩提質，各項工作取得了顯著成效，為黑龍江省經濟社會發展做出了積極貢獻。